Selepas 9 tahun berada di dalam penjara kerana memperjuangkan keadilan untuk mangsa bencana alam, Baba Jan bersama dengan dua orang lagi rakan seperjuangannya yang masih dipenjarakan, Iftikhar Hussain dan Shukoorullah Baig, akhirnya dibebaskan pada 27 November 2020. 11 orang lain yang dipenjarakan pada masa yang sama dengan Baba Jan, juga telah dibebaskan lebih awal pada bulan Oktober atau November 2020. Pembebasan Baba Jan dan 13 orang lagi aktivis ini adalah hasil perjuangan yang berterusan daripada gerakan sosial dan kempen rakyat yang mendesak untuk pembebasan mereka. Aksi duduk bantah yang dilakukan oleh ahli-ahli keluarga tahanan dan gerakan progresif yang agak hebat di Gilgit-Baltistan pada bulan Oktober 2020, merupakan usaha terakhir yang berjaya mendesak kerajaan Gilgit-Baltistan untuk bersetuju supaya membebaskan kesemua 14 orang yang dipenjarakan atas pertuduhan palsu mengenai keganasan (hanya kerana mereka menyokong protes mangsa bencana alam dan membantah keganasan polis).
Aksi duduk bantah oleh ahli-ahli keluarga tahanan mula diadakan di Aliabad pada 4 Oktober 2020, dan kerajaan Gilgit-Baltistan mengadakan rundingan dengan ahli-ahli keluarga yang berprotes pada hari ketujuh. Hasil daripada rundingan tersebut, kerajaan Gilgit-Baltistan bersetuju untuk membebaskan semua tahanan yang telah dipenjarakan sejak tahun 2011 ini sebelum 30 November 2020. Persetujuan untuk membebaskan Baba Jan dan 13 orang yang lain ini tidak akan mungkin berlaku jika tiadanya aksi bantahan yang hebat.
Gilgit-Baltistan merupakan sebuah wilayah pergunungan semi-autonomi, dengan keluasan hampir 73,000 km persegi dan berjumlah penduduk lebih kurang 2 juta orang, yang terletak di rantau Kashmir yang menjadi pertikaian sempadan Pakistan-India. Gilgit-Baltistan telah diduduki dan ditadbir oleh Pakistan sejak tahun 1947, tetapi penduduk Gilgit-Baltistan telah lama dinafikan perwakilan dalam parlimen Pakistan dan akses kepada jaminan hak asasi rakyat seperti yang dinikmati warganegara Pakistan yang lain. Dewan Perundangan Gilgit-Baltistan mempunyai kuasa yang amat terhad. Kerajaan Pakistan hanya memutuskan baru-baru ini pada bulan September 2020 untuk menjadikan Gilgit-Baltistan sebagai sebuah wilayah (provinsi) yang berstatus sama dengan wilayah-wilayah yang lain.
Pada 4 Januari 2010, satu peristiwa tanah runtuh yang serius berlaku di kawasan Attabad yang terletak di Lembah Hunza, Gilgit Baltistan. Kejadian tanah runtuh tersebut telah membunuh seramai 20 orang dan menghalang aliran air Sungai Hunza selama 5 bulan. Sebanyak lima buah kampung telah ditenggelami air dan ribuan orang kehilangan tempat tinggal. Sebagai seorang aktivis keadilan iklim, Baba Jan telah terlibat secara aktif dalam membantu mangsa bencana tanah runtuh di Attabad, dan menganjurkan aksi demonstrasi massa di kawasan Lembah Hunza. Mangsa-mangsa bencana tanah runtuh Attabad berprotes terhadap kegagalan kerajaan dalam mengambil tindakan segera dan menuntut pampasan yang adil. Pada 11 Ogos 2011, sebahagian daripada mangsa-mangsa bencana ini mengadakan protes di Aliabad ketika Ketua Menteri Gilgit-Baltistan pada masa itu Syed Mehdi Shah melawat ke kawasan itu, untuk menuntut keadilan bagi keluarga yang belum menerima pampasan daripada kerajaan. Mereka yang berprotes telah melakukan sekatan di Lebuhraya Karakoram yang merupakan laluan konvoi Ketua Menteri Gilgit-Baltistan. Pihak polis menembak gas pemedih mata dan peluru untuk menyuraikan demonstran. Dua orang demonstran terbunuh dalam insiden tersebut, dan mencetuskan gelombang protes besar-besaran di kawasan Lembah Hunza. Beberapa bangunan kerajaan dan balai polis telah dibakar oleh penduduk Lembah Hunza yang marah dengan keganasan polis. Baba Jan pada masa itu menganjurkan aksi protes secara aman untuk menuntut kebertanggungjawaban polis terhadap pembunuhan demonstran. Namun, pihak polis telah bertindak menangkap lebih seratus orang “suspek” yang membakar bangunan kerajaan, termasuk Baba Jan dan rakan seperjuangannya. Baba Jan dituduh menghasut rusuhan. Dia telah diseksa semasa dalam tahanan. Pihak polis kemudiannya menggugurkan tuduhan terhadap semua orang yang ditahan, kecuali Baba Jan dan 13 orang lain, kerana mereka enggan menandatangani surat mengaku kesalahan yang direka oleh pihak polis Pakistan. Baba Jan dan rakan-rakannya disabit bersalah di bawah Akta Akti-Keganasan, dan dijatuhkan hukuman penjara seumur hidup.
Pendakwaan dan pemenjaraan Baba Jan merupakan satu tindakan yang bermotifkan politik. Bagi golongan yang berkuasa, Baba Jan terlalu popular dan terlalu radikal sehingga menggugat kekuasaan mereka. Sokongan popular untuk Baba Jan ditunjukkan dalam Pilihanraya Dewan Perundungan Gilgit-Baltistan pada tahun 2015, di mana walaupun beliau masih berada di dalam penjara pada masa itu, tetapi berjaya mendapat undi kedua tinggi di kawasan yang ditandinginya sebagai calon Parti Pekerja Awami. Baba Jan kemudiannya dinafikan hak untuk bertanding dalam satu pilihanraya kecil pada tahun 2016, kerana kepopularannya yang menggugat hegemoni golongan pemerintah di situ. Semasa berada di dalam penjara, Baba Jan telah terlibat dalam usaha mengorganisasi untuk memperjuangkan hak banduan dan mendorong toleransi antara golongan Sunni dan Syiah. Baba Jan dijatuhkan hukuman penjara yang kedua semasa dia sudah berada di dalam penjara, kerana menganjurkan mogok banduan untuk menuntut makanan yang sesuai dan akses kepada kesihatan.
Pemenjaraan Baba Jan telah mendapat perhatian di peringkat nasional Pakistan dan antarabangsa, dengan banyak organisasi dan aktivis gerakan sosial telah mengadakan kempen untuk menuntut pembebasannya. Walau bagaimanapun, tekanan yang paling hebat adalah daripada gerakan progresif yang berorganisasi di dalam Gilgit-Baltistan itu sendiri, sehingga menundukkan golongan berkuasa untuk membebaskan Baba Jan dan rakan-rakannya.
Pierre Rousset, editor kepada Europe Solidaire Sans Frontières (ESSF), menulis dalam kenyataannya berikutan pembebasan Baba Jan, “Baba Jan mewakili salah satu daripada ‘perjuangan bersama’ di mana semua kuasa demokratik dan progresif boleh berdiri bersama. Kita mengalu-alukan pembebasannya.”
